بنای تاریخی دیگر مجموعه امامزادگان جعفر (ع) و محمد (ع) دامغان بنای امامزاده محمد در جنوب غربی محوطه است. این بقعه بنایی آجری با پلان هشت ضلعی و سقف گنبدی است. مردم بومی این بقعه را به نام امامزاده محمد از نوادگان امام موسی کاظم(ع) میشناسند. ورودی این بقعه در ضلع شرقی آن قرار دارد. در قسمت بالای ورودی با گچبری و نقاشی آراسته شده است.
فضای داخلی این بقعه که حدود ۷۵ متر مربع وسعت دارد مشابه بقعه امامزاده جعفر بازسازی شده است. دیوارهای گچ اندود و ضریح فلزی هر دو در هنگام بازسازی به این مکان افزوده شدند. در این بقعه هیچ کتیبهای مبنی بر زمان ساخت و یا زمان مرمت بنا وجود ندارد.
بازدید ازین بنا هم بطور رایگان امکان پذیر هست.
آستان امامزاده محمد (علیه السلام) در خیابان امام شهر دامغان و در جوار بقعه امامزاده جعفر(علیه السلام) واقع شده است.
قدمت اين امامزاده 1100 سال است و زمان ساخت آن احتمالا زمان آل زياد بوده .بنای این امام زاده گنبدی آجریست و داخل بقعه هشت ضلعی است. در بالای در ورودی این امامزاده گچبری های زیبایی دیده میشه که بر اثر مرور زمان بخش زیادی از آن از بین رفته . نماي خارجي بقعه امامزاده در سالهاي اخير با آجر معمولي بازسازي شده است و بر اساس کتیبه داخل بنای بقعه این امامزاده در زمان شاهرخ تیموری ساخته شده. این امامزاده محل زیارتی مردم دامغان بوده و در مناسبت های مختلف پذیرای جمعیت زیادی از مشتاقان اهل بیت عصمت و طهارت می باشد.